СУБД Graphs DB 2004 ориентирована на поддержку физико-химических БД с представлением информации о хим. структурах в виде молекулярного графа. Для редактирования структур используется специально разработанный редактор Graph Edit 2004. С помощью plugin-модулей пользователь может рассчитать теоретические характеристики молекулы и отдельных ее фрагментов. В запись также можно добавить экспериментальные параметры. СУБД поддерживает как тривиальные запросы, так и запросы на SQL. Взаимодействие между программами основано на технологии COM. См: М.И. Трофимов, Е.А. Смоленский, Применение индексов электроотрицательности органических молекул в задачах химической информатики. // Известия РАН, сер.хим., 2005, №9, c. 2166.