Что могу предложить: Настройка связки nginx + apache (для оптимизации нагрузки) Кластер из веб-серверов (балансировка нагрузки) Настройка лимитов nginx Базовая защита от DoS атак Индивидуальные решения и настройка, под конкретный проект Подключение SSL (https) Компилирование с исходников, для включения необходимых функций