Сейчас в фид для яндекс.маркета выгружается та же цена что публикуется на сайте, необходимо это исправить будет отдельная цена для маркета.
1. Первым шагом нужно поправить скрипт обновляющий товары и цены на сайт, раз в сутки ему на вход отдается .xml с данными о товарах, вот пример секции с ценой товара
<price> это то что было, эту цену осталяем для публикации на сайте как и есть
и добавим
<ym_price> вот её нужно записать в БД сайта для последующего формирования фида
2.Правим модуль формирования фида для яндекс.маркета таким образом чтобы в фид попадала бы эта новая цена