сервер тормозит

сервер на hetzner тариф EX4
ОС Debian
на сервере работают Apache+Nginx, MySQL, PHP, Почтовый сервер
порядка 70 сайтов и пара веб-приложений

проблемы
1. очень долго генерятся страницы сайтов при относительно низкой посещаемости. думаю что дело в MySQL, т.к. в mytop периодически висят запросы по несколько секунд а то и минут, запросы простые типа обновить LastTime у сессии (обновление по первичному ключу).
2. при попытке удалить некоторые БД mysqld падает, БД при этом не удаляется.

надо
1. выяснить почему не удаляются БД (логировать ошибки).
2. выявить причины тормозов MySQL и оптимизировать его работу (настроить необходимые параметры, починить/дефрагментировать/оптимизировать все таблицы во всех БД, …).
3. написать отчет в чем конкретно была проблема в пунктах 1-2, как она была решена, как часто и каким образом надо проверять/мониторить наличие данной проблемы в будущем
4. объяснить как часто и за чем нужно следить в munin, чтобы вовремя отслеживать нехватку ресурсов (памяти, мощности процессора, …). если munin в этом отношении не помогает, поставить другие "мониторы".