Доработка заключалась в разделении выгрузки остатков для разных сайтов. Каждый сайт это отдельный город. Т.е был добавлен справочник "Города", к нему связью "один-к-многим" были добавлены справочник "Склады". Т.е при выгрузке к файлам Offers прикреплялся идентификатор города к которому этот склад принадлежал.