Ручная чистка кода, где это возможно – замена файлов на оригиналы из официальных дистрибутивов. Удаление всех лишних компонентов. Сканирование тремя антивирусами после чистки. Проверка и чистка админки сайта на предмет "левых" пользователей и компонентов. Защита и сокрытие входа в админ-панель. Защита от брутфорса, большинства методов нахождения уязвимостей и запуска скриптов, автоматические баны. Запрет на выполнение php везде, где возможно без потери функционала. Обновление всех компонентов сайта до последних версий. Тестирование новой версии сайта. Создание новой резервной копии файлов и базы. Консультация и рекомендации пользователю по соблюдению безопасности.