Имеется общий классификатор-список артикулов (100000 позиций), закачивая в систему классификатор из Excel файла. И затем последовательно закачиваем остатки из файлов Excel вида артикул наименование кол-во и сканируя их по общему классификатору получаем общие остатки вида Артикул Склад1 кол-во Склад2 кол-во ... Склад N кол-во. Можно выгрузить общие остатки в файл Excel.