Найти все ненулевые значения в больших таблицах и посчитать их

У меня есть 80 очень больших таблиц (SAM-файлы), мне нужно написать скрипт, который для каждого ищет ненулевые значения по одному из столбиков, считает их и записывает этот счет и еще одно значение из той строчки. 
Пример:

Организм 1:
вирус 1 0 
вирус 2 100
вирус 3 0
вирус 2 10

организм 2:
вирус 1 20
вирус 2 10
вирус 3 0

в итоге должна получиться такая таблица
вирус1 0 1
вирус2 2 1
вирус3 0 0